RAA技术检测SNP位点MTHFR A1298C
发布时间:2018-08-02 14:23:13         阅读量:1079         来源:未知        

随着人类基因组计划和国际单倍型图谱计划的完成,单核苷酸多态性( SNPs )已成为检查个体间复杂疾病易感性、治疗效果和药物不良反应等特征的多样性的有效标记。目前,研究人员已经建立起了一系列对 SNP 进行基因分型的方法。然而,诸如实时 PCR DNA 测序、限制性片段长度多态性( RFLP )分析和 PCR- 扩增抗拒突变系统( PCR-ARMS )的传统检测方法不仅费时费力,而且离不开精密仪器的支持。


图示单核苷酸多态性( SNPs

近来,等温核酸扩增技术因其与临床分析的高度兼容性获得了相当的关注。其中,环介导等温扩增( LAMP )技术是在 SNP 检测中最常用的一种,但是其探针设计的复杂性和工作温度( 65 ℃)限制了其应用空间。有部分研究表明,重组酶聚合酶扩增( RPA )方法虽然可以通过使用嵌入染料、内参和肽核酸来达到检测肿瘤基因中的点突变的效果,但该方法在特异性和灵敏度上都有所欠缺。 重组酶介导的核酸扩增( recombinase-aided amplification RAA 技术这种新型的等温核酸扩增技术则为 SNP 检测提供了比较理想的解决方案。


5, 10- 亚甲基四氢叶酸还原酶( MTHFR )是叶酸代谢途径中的关键酶,同时还在同型半胱氨酸代谢扮演着重要的角色。目前,人们已在 MTHFR 基因中鉴定到了一些多态性的存在。而A1298C( rs1801131 )就是其中一个受到广泛研究的 SNP A1298C 多态性位于 MTHFR 基因的第 7 个外显子的1298 bp处,该位点发生腺嘌呤核苷酸到胞嘧啶核苷酸的颠换后导致编码的谷氨酸被丙氨酸替换。 A1298C 处的替换将导致 MTHFR 基因编码的蛋白质处于热不稳定状态,并会影响 DNA 合成、基因组稳定性和血液中同型半胱氨酸水平的维持。许多研究表明,这种多态性与包括缺血性中风、神经管畸形和先天性心脏病等在内的多种疾病有关。因此,该 SNP 的分型在临床上有着非常高的价值。

   

图示 MTHFR A1298C 在染色体上的位置

2018年发表在 BioTechniques 上的一篇文章建立了一种基于 RAA 技术的 MTHFR A1298C 检测方法(probe-directed recombinase amplification, PDRA )。 PDRA 方法包括两个实时反应,用来检测 A1298C 中的腺嘌呤核苷酸和胞嘧啶核苷酸。其中,每个反应仅含有一个引物和一个探针,并能在39℃下、35分钟内完成。该方法在 SNP 分型方面的准确率很高,使用该方法对 150 个临床样品进行基因分型的结果与直接测序的结果完全一致。此外,当使用 1000 基因组计划的 HCB 频率作为对照组时,发现 MTHFR A1298C 的确与先天性心脏病有关。

综合一系列研究结果, RAA 技术是检测 SNP 有效的工具,在科研和临床环境中都有广泛的应用潜力。

详细内容参见原文:

Duan S, Li G, Li X, et al.  A probe directed recombinase amplification assay for detection of MTHFR A1298C polymorphism associated with congenital heart disease .[J].  Biotechniques , 2018, 64(5):211.

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